駭客任務：重灌上陣】的故事延續上一集的劇情，母體發現人類最後的堡壘城市錫安原來藏在接近地球核心的深處，而人類只剩七十二小時能阻止幾千艘狀似烏賊的巡邏艦大舉進攻。

他們的唯一希望就是找到一名被稱為“關鍵人物”的神祕人物，而他則是受到一對耍彈簧刀的大壞蛋“雙胞胎”看守，這對白子雙胞胎殺手擁有如鬼魂般的隱形能力。

除了第一集的原班人馬－基諾李維飾演的尼歐、勞倫斯費許朋飾演的莫斐斯、凱莉安摩斯飾演的崔妮蒂、雨果維明飾演的史密斯以及已故女演員葛莉亞佛斯特飾演的祭師－

【駭客任務：重灌上陣】一片也加入全新角色，包括菩薩般的角色賽若膚、莫斐斯的前任情人奈爾碧（潔達蘋姬史密斯飾），以及看上尼歐的蛇蠍美女波賽芬尼（莫妮卡貝露琪飾）。

這兩部續集透露了很多細節，【重灌上陣】將揭開母體本身的祕密，它其實是一座比紐約市大十倍的超級城市，裡面有更新、更凶惡的電腦人。

另外史密斯幹員也學會像電腦病毒一樣不斷自我複製，在一場華卓斯基兄弟稱為“虛擬攝影”的鏡頭中，尼歐將和一百名史密斯幹員對決。